山东省食品发酵工业研究设计院内设机构7个，其中：

食品发酵研究所：负责发酵工程、食品工程领域科研、技术开发及相关技术咨询等工作；

工程设计所：负责行业技术咨询服务、工程技术研究与开发、辅助科技成果转化、学生实习实训指导等工作；

香精香料研究所：负责烟用香精、食用香精的研发、生产和销售等工作；

科研管理中心：负责科研计划、科研成果、成果转化、合作交流、平台建设、仪器设备管理、网站建设及产业相关工作；

财务管理中心：负责财务预决算、会计核算、资产管理、内控管理等工作；

综合办公室（党委办公室）：负责单位文电、会议、机要、保密、档案、人力资源管理、精神文明建设、党务、离退休老同志管理、工会、计划生育、院长办公会议、党委会议决定等工作；

物业管理中心：负责房产管理经营、维修、安全保卫、绿化等工作；